新藥開發研究，人用藥物及其他藥物
針對一些感染性疾病的藥物，如各種病毒病、細菌病等，在新藥的開發過程中，快速了解藥物對疾病進程的影響可以為新藥開發節約大量的人力、時間和資金，與以前所用的Elisa等方法相比，實時熒光定量PCR技術可以快速、準確、定量、靈敏地測定血液或組織中病原體的含量，因此有利用分析藥物的作用效果，為比較不同的配方的療效、用藥量、用藥時間等等提供快速、定量的評價。
此方法除了用于人用藥物以外，還可以用于畜用藥物，甚至其他經濟動物及植物的藥物研究等，因此其在藥物研究方面的應用范圍是很廣的。
超早期感染用藥物及療法的研究與開發
實時熒光定量PCR方法測定是血液中病毒核酸的含量，因此不必等到病人體內產生抗體，同時，由于其靈敏度與Elisa相比不可同日而語，在病毒感染的早期，即血液中病毒含量很低時就可以測定。因此就出現了一個新的領域，即在病毒或細菌含量很低時如何用藥，用什么藥以及用藥量等進行研究，為將疾病消滅在超早期作出貢獻。
藥物療效研究，人用藥物及其他藥物
對于一些已經上市的新藥或是應用了很長時間的老藥，其用藥的效果以及用藥量及用藥時間都可以進行進一步的研究，為更加合理化的應用這些藥物為人類造福進行進一步的研究。以前所用的方法由于不能準確定量，靈敏度也不夠，因此有很多需要研究的內容沒有完成。這一方面需要研究內容很多，意義也很大。