1. 總RNA的提取:見相關內容。
2. cDNA第一鏈的合成:試劑公司有多種cDNA第一鏈試劑盒出售,其原理基本相同,但操作步驟不一。現以GIBICOL公司提供的SuperScript Preamplification System for First Strand cDNA Synthesis 試劑盒為例。
(1)在0.5ml微量離心管中,加入總RNA 1-5μg,補充適量的DEPC H2O使總體積達11μl。在管中加10μM Oligo(dT)12-18 1μl,輕輕混勻、離心。
(2)70℃加熱10min,立即將微量離心管插入冰浴中至少1min。
然后加入下列試劑的混合物:
10×PCR buffer 2μl
25mM MgCl2 2μl
10mM dNTPmix 1μl
0.1M DTT 2μl
輕輕混勻,離心。42℃孵育2-5min。
(3)加入SuperscriptⅡ1μl ,在42℃水浴中孵育50min。
(4)于70℃加熱15min以終止反應。
(5)將管插入冰中,加入RNase H 1μl ,37℃孵育20min,降解殘留的RNA。-20℃保存備用。
3.PCR:
(1)取0.5ml PCR管,依次加入下列試劑:
第一鏈cDNA 2μl
上游引物(10pM) 2μl
下游引物(10pM) 2μl
dNTP(2mM) 4μl
10×PCR buffer 5μl
Taq 酶(2u/μl) 1μl
(2) 加入適量的ddH2O,使總體積達50μl。輕輕混勻,離心。
(3) 設定PCR程序。在適當的溫度參數下擴增28-32個循環。為了保證實驗結果的可靠與準確,可在PCR擴增目的基因時,加入一對內參(如G3PD)的特異性引物,同時擴增內參DNA,作為對照。
(4) 電泳鑒定:行瓊脂糖凝膠電泳,紫外燈下觀察結果。
(5) 密度掃描、結果分析:采用凝膠圖像分析系統,對電泳條帶進行密度掃描。