一、開機與關機
當實驗室的溫度和濕度符合開機條件下，冷啟動儀器的順序如下：
1、核對儀器的初始狀態
﹙1﹚核對液相色譜儀的色譜柱出口與進入質譜儀離子源的人口之間管線是否相連，如連上則將其脫開；
﹙2﹚ 液相色譜儀的總電源開關，自動進樣器電源開關﹙如已配置的話﹚是否處于關閉狀態，如不是則將其關閉；
﹙3﹚質譜儀的總電源開關，主板電源開關是否處于關閉狀態，如不是則將其關閉；
﹙4﹚核對質譜儀低真空泵的泵油的顏色和油液面；
﹙5﹚打開液氮罐的總閥門，檢查N2氣源的壓力，應大于1MPa，若不符合要求則打開增壓閥。核對壓力表上的指示是否達到要求的工作壓力﹙若使用制氮機則按操作規程開機并檢查它的N儲氣罐壓力是否正常﹚。
2、儀器冷啟動
﹙1﹚打開液相色譜儀總電源開關，進行儀器自檢； 但基本方法是類似的。即首先啟動
﹙2﹚儀器不同，啟動真空系統的程序會有所差異，但基本的方法是類似的。即首先啟動機械泵，達到低真空要求后或者自動啟動分子渦輪泵，或者先打開質譜儀的主機開關，讓分子泵開始抽高真空；
﹙3﹚打開計算機電源，點擊屏幕上相應的軟件標識進人液質聯用儀的主頁。只有當高真空達到預定要求，質譜儀的自檢才能完成，此時質譜儀各功能部件能夠運行。有的儀器要求打開質譜儀的主板電源來實現上述操作；
﹙4﹚當液相色譜儀和質譜儀的自檢通過后，儀器的開機階段完成；
﹙5﹚激活軟件，確保系統的軟件將液相色譜與質譜相聯。
3、熱啟動
每日工作完畢后準備讓儀器過夜時，應進人如下狀態：
﹙1﹚首先將LC與MS之間的連接管線脫開，切換I.C的流路閥，使1C流出液進人廢液儲器；
﹙2﹚在計算機屏幕上關掉倍增器電壓，并使質譜儀各加熱部件﹙如有的話﹚降溫到指定溫度以下，降溫后退出相應的工作界面；
﹙3﹚ 除了某些工作氣路要求N.維持在待機過夜時所需的氣流量以外，關閉所有的工作氣路，關掉液氮罐的增壓閥；
﹙4﹚讓質譜儀的真空系統處于運轉狀態；
﹙5﹚在關掉LC泵之前若流動相中含有酸、堿、鹽時，將代之以用事先準備的、無上述添加物的流動相去清洗柱塞泵和色譜柱﹙如果用低流量過夜的話，則LC泵不必關閉，也不必更換掉帶酸、堿、鹽的流動相﹚。用指定的清洗液清洗自動進樣器。
在上述儀器過夜的狀態下第二天啟用儀器，這稱之為熱啟動。熱啟動還應包含下述的操作：
﹙1﹚必要時開啟液氮罐的增壓閥，核對壓力表所指示的N2工作壓力；
﹙2﹚在IC/MS工作軟件中選擇狀態欄并觀察相應的標識，核對LC與MS之間是否處于軟件相聯狀態。
4、關機
液一質聯用儀如在一段時間內停止工作，則關機過程如下：
﹙1﹚首先讓儀器達到2.6.1.3所述的過夜狀態；
﹙2﹚在計算機屏幕上點擊分子滿輪泵﹙或高真空系統﹚的關機鍵，待渦輪分子泵停下后關掉質譜儀的主機電源；
﹙3﹚關閉所有的N2氣路，關掉液氮罐的總閥門：
﹙4﹚根據各公司提供的儀器操作手冊要求，等待一定的時間以便讓質譜儀的抽氣空間充滿空氣或N，氣才關閉機械泵的電源，并關掉質譜儀的總電源﹙也有的儀器是先停機械泵，后停分子渦輪泵﹚；
﹙5﹚在計算機屏幕上退出所有工作軟件，關閉計算機；
﹙6﹚關閉液相色譜儀的自動進樣器電源。如果1C仍處于帶酸、賊、鹽流動相的低流量狀態，則必需在0.2~0. 3mL/min流量下使用無上述添加物的流動相清洗柱塞泵和色譜柱。為避免鹽的析出應先用純水后用50/50 ﹙體積分數﹚甲醇水或乙腈水。在停泵之前應按指定的溶劑充滿待貯存的色譜柱，然后關LC泵，關LC的總電源。
總之，開機、關機的要求是使液質聯用儀不受到來自操作失誤的損害。可以歸納為幾條原則，即在流動相含有鹽的情況下不能停LC的泵；除了在運行LC的清況外不能讓色譜柱長時間停留在接近其pH值的上、下限值處；按照各公司儀器說明書的要求，待機狀態下N2氣路應當保持最低流量；液-質聯用儀的各個電器部件開啟的順序應與關閉的順序相反，即先開的后關，后開的先關。