紅外光是一種介于可見光區和微波區之間的電磁波，包括近紅外光（NIR， 0.78～2.5μm）、中紅外光（MIR，2.5～50μm）和遠紅外光（FIR，50～1000μm）。紅外光譜中振動峰的數目、位置、形狀和強度與被測物質的組成、結構、性質有密切聯系。
研究表明，不同樣品的紅外光譜包含有不同的信息，即樣品的紅外光譜具有指紋性。在地理標志產品的檢驗中，通過對比不同產地的同類產品或其特定工藝條件下的提取物的紅外光譜或其包含的信息，就可以實現對產品產地的鑒定。
由于紅外指紋圖譜反映的是食品或農產品整體質量信息，是基于整體性和模糊性的判別方法。當樣品的紅外光譜圖具有指紋性時，可作為一級圖譜進行對比鑒定；當不同產地的同類產品的圖譜相似時，可借助化學計量學消除背景干擾，分辨重疊波譜，揭示波譜數據中隱含的物質信息，建立判別模式，對食品或農產品的產地信息進行更為準確的分析，為地理標志食品的檢驗提供科學依據。
常用的化學計量法有主成分分析（PCA）、偏最小二乘判別分析（PLS-DA）、聚類分析（CA）、線性判別分析（LDA）等。當樣品量足夠多時，可以采用多模式識別技術，以更準確地識別食品或農產品的產地及生境等。