一、接口的選擇
ESI適合于中等極性到強極性的化合物分子，特別是那些在溶液中能預先形成離子的化合物和可以獲得多個質子的大分子﹙如蛋白質﹚APCI不適合可帶多個電荷的大分子，其優勢在于弱極性或中等極性的小分子的分析。
二、正、負離子模式的選擇
選擇的般原則為:正離子模式適合于堿性樣品，可用乙酸或甲酸對樣品加以酸化。樣品中含有仲氮或叔氮時可優先考慮使用正離子模式。負離子模式適合于酸性樣品，可用氨水或:乙胺對樣品進行堿化。樣品中含有較多的強伏電性基團，如含佩，含溴和多個羥基時可嘗試使用負離子模式。
三、流動相的選擇
常用的流動相為甲醇,乙腈,水和它們不同比例的混合物以及一些易揮發鹽的緩沖液,如甲酸銨,乙酸銨等,還可以加入易揮發酸堿如甲酸,乙酸和氨水等調節pH值。
LC/MS接口避免進入不揮發的緩沖液,避免含磷和氯的緩沖液,含鈉和鉀的成分必須送樣前一定要摸好LC條件,能夠基本分離,緩沖體系符合MS要求。
四、流量和色譜柱的選擇
不加熱ESI的最佳流速是150u1/min,應用4.6m內徑LC柱時要求柱后分流,目前大多采用12.1mm內徑的微柱,TIS源最高允許1ml/min,建議200-400u1/ min APCI的最佳流速-1ml/min.常規的直徑4.6mm柱最合適。為了提分析效率,常采用<100mn的短柱﹙此時UV圖上并不能獲得完全分離,由于質譜定量分析時使用MRM的功能，所以不要求各組分沒有完全分離﹚。這對于大批量定量分析可以節省大量的時間。
五、輔助氣體流量和溫度的選擇
霧化對流出液形成噴霧有影響，干燥氣影響噴霧去溶劑效果，碰撞氣影響二級質譜的產生。
操作中溫度的選擇和優化主要是指接口的干燥氣體而言，一般情況下選擇干燥氣溫度高于分析物的沸點20左右即可。對熱不穩定性化合物，要選用更低的溫度以避免顯著的分解。
選用干燥氣溫度和流量大小時還要考慮流動相的組成，有機溶劑比例高時可采用適當低的溫度和流量小一點的。