用LC-MS進行定量分析，其基本方法與普通液相色譜法相同，即通過色譜峰面積和校正因子或標樣進行定量。
但由于色譜分離方面的問題，一個色譜峰可能包含幾種不同的組份，給定量分析造成誤差。
因此，對于LC-MS定量分析，不采用總離子色譜圖，而是采用與待測組分相對應的特征離子得到的質量色譜圖或多離子監測色譜圖，此時，不相關的組分將不出峰，這樣可以減少組份間的互相干擾，LC-MS所分析的經常是體系十分復雜的樣品，比如血液、尿樣等。
