HPLC-MS除了可以分析氣相色譜-質譜﹙GC-MS﹚所不能分析的強極性、難揮發、熱不穩定性的化合物之外，還具有以下幾個方面的優點:分析范圍廣，MS幾乎可以檢測所有的化合物，比較容易地解決了分析熱不穩定化合物的難題。
分離能力強，即使被分析混合物在色譜上沒有完全分離開，但通過MS的特征離子質量色譜圖也能分別給出它們各自的色譜圖來進行定性定量；定性分析結果可靠，可以同時給出每一個組分的分子量和豐富的結構信息；檢測限低，MS具備高靈敏度，通過選擇離子檢測﹙SIM﹚方式，其檢測能力還可以提高一個數量級以上；分析時間快，HPLC-MS使用的液相色譜柱為窄徑柱，縮短了分析時間，提高了分離效果；自動化程度高，HPLC-MS具有高度的自動化。