一、高分子聚合物填料
離子色譜中使用得最廣泛的填料是聚苯乙烯擬二乙烯苯共聚物。其中陽離子交換柱一般采用磺酸或羧酸功能基,陰離子交換柱填料則采用季胺功能基或叔胺功能基。離子排斥柱填料主要為全磺化的聚苯乙烯二乙烯苯共聚物,這類離子交換樹脂可在pH0～14范圍內使用。如果采用高交聯度的材料來改進,還可兼容有機溶劑,以抗有機污染。一般來說,離子交換型色譜柱的交換容量均很低。
二、硅膠型離子色譜填料
該填料采用多孔二氧化硅柱填料制得,是用于陰離子交換色譜法的典型薄殼型填料。它是用含季胺功能基的甲基丙烯十醇酯涂漬在二氧化硅微球上制備的。陽離子交換樹脂是用低相對分子質量的磺化氟碳聚合物涂漬在二氧化硅微粒上制備的。這類填料的pH值使用范圍為4～8,一般用于單柱型離子色譜柱中。