1、試劑準備區：主要進行試劑的制備、分裝和主反應混合液的制備。試劑和用于樣品制作的材料應直接運送至該區，不得經過其它區域。試劑原材料必須貯存在本區內，并在本區內制備成所需的試劑。本區主要設備有天平、冰箱、離心機、加樣器、振蕩器等。
對于氣流壓力的控制，本區并沒有嚴格的要求。
2、樣品制備區：主要進行樣品的保存、核酸(RNA、DNA)提取、貯存及其加入至擴增反應管和測定DNA的合成。本區主要設備有冰箱、生物安全柜、離心機、加樣器、振蕩器、恒溫水浴等。
本區的壓力梯度要求為：相對于鄰近區域為正壓，以避免從鄰近區進入本區的氣溶膠污染。
3、擴增區：主要進行DNA擴增。此外，已制備的DNA模板 (來自樣品制備區)的加入和主反應混合液(來自試劑準備區)制備成反應混合液等也可在本區內進行。本區主要設備有：擴增儀、冰箱、離心機、加樣器等。
本區的壓力梯度要求為：相對于鄰近區域為負壓，以避免氣溶膠從本區漏出。
4、擴增產物分析區：擴增產物的測定。本區主要設備有酶標儀、洗板機、加樣器和水浴箱等。
本區的壓力梯度的要求為：相對于鄰近區域為負壓，以避免擴增產物從本區擴散至其它區域。