無菌室一般是在微生物實驗室內專辟一個小房間。可以用板材和玻璃建造。面積不宜過大,約 4 — 5 平方米即可,高 2.5 米左右。無菌室外要設一個緩沖間,緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向,以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉。室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。