一、開機：
質譜儀的開機首先開氣，再開機械泵，再打開質譜儀的電源，等真空度達到后再開啟分子渦輪泵，等真空度達到后才可以進行協調校正，一般至少需要抽12個小時才能達到。每次開機后都需要校正后才能使用質譜儀。
二、樣品測試過程：
與液相色譜聯用時，流動相需要先用膜過濾，需要區別有機膜和水膜，樣品也同樣需要過濾或者用>10000rpm的轉速離心去掉固體雜質。
流動相不能用難揮發的酸或鹽，如，磷酸鹽和硼酸鹽，液相常用的TFA會抑制離子電離，也不建議使用;表面活性劑在質譜中響應很高，尤其是ESI源，所以，所有管和器具的清洗不能用洗潔精，用來改善分離和色譜峰形的離子對試劑也應慎用，與質譜聯用時建議使用的是甲酸、乙酸、甲酸銨、乙酸銨和氨水等。
根據選用的離子源調整液相方法，ESI源一般用0.3-0.6mL/min，常規HPLC分析柱的規格是5μm，4.6×250mm的，一般流速都是1mL/min，可以采用柱后分流的方式來調整進入質譜的流量。同時，要根據進入質譜的流量和樣品性質調整霧化氣溫度和霧化氣的流量。
樣品測試結束后，需要清洗進樣管路，清洗后停泵，待離子源溫度降低后再選擇待機狀態。
三、日常定期維護：
前期，機械泵隨著樣品的檢測會有有機溶劑進入泵中，需要定期打開震氣閥震氣20min左右，震氣時間不能太長，太長會導致泵油消耗過快。根據檢測量來調整震氣的頻率，一般建議一周一次。
離子源腔體和取樣錐孔、擋蓋用無塵紙和50%甲醇水清洗，一般一周一次。
機械泵的泵油需要定期更換，一般半年更換一次，如果泵油看起來很臟，需要提前更換。更換泵油時需要將泵油全部倒出，再更換新的泵油，不同品牌的泵油不能混用。一般實驗室的質譜儀都會在長假的時候進行大的維護。
一般日常維護除了更換泵油之外，都是不需要在卸真空的狀態下進行，質譜內部的清理和維護一般比較少做到，建議交給維修工程師來做，內部金屬件可以用氧化鋁粉來打磨，其他組件注意不要碰到有機試劑，尤其是密封圈之類的。
四、關機：
關機需要先vent，放空系統，再關閉機械泵。