1.實驗過程中蛋白處于天然狀態，這時使用的抗體識別的一般是蛋白的構象表位和線性表位；這樣的實驗主要有CO-IP、FACS、Neutralizing/Blocking以及Elisa法檢測天然蛋白等。
2.實驗過程中蛋白處于變性或半變性狀態，這時大部分的構象表位已被破壞，抗體識別的一般都是線性表位；這樣的實驗主要有：Western、IHC/ICC/IF等以多肽作為抗原制備的抗體，識別的是線性表位，在使用時蛋白處于變性或半變性狀態下，結果可以令人滿意；但不能夠保證識別天然蛋白以蛋白作為抗原制備的抗體，識別蛋白的線性和構象表位，基本上所有的實驗都可以應用，所以，用蛋白作為抗原應是首選，但是在多肽抗原已可滿足實驗要求而且得到蛋白有一定難度的情況下，以多肽作為抗原制備抗體更加合適。