需要與FH相鑒別的是多基因高膽固醇血癥。一般說來，典型的多基因高膽固醇血癥者其血漿膽固醇水平僅輕度升高，在兒童期并不表現出來，不伴有肌腱黃色瘤，在第一級親屬中也不表現顯性遺傳。然而，早發性冠心病的陽性家族史對兩者鑒別無幫助，因為在FH和多基因高膽固醇血癥均可有早發性冠心病的陽性家族史。大約10%的FH患者亦同時有高三酰甘油血癥。對于這一部分病人，難以與家族性混合型高脂血癥相鑒別，除非同時發現病人有上述其他的臨床特征。
