由于目前有關家族性高脂蛋白血癥Ⅱb型（FCH）的代謝異常和遺傳缺陷的基因尚不清楚，也未發現具有診斷意義的遺傳標記，故對其發病的病因不清。可能與以下因素有關：
①FCH患者多伴有Apo B合成過多，因而體內VLDL的合成增加；
②脂蛋白的結構異常，表現在LDL顆粒中含Apo B相對較多，因而產生小顆粒致密的LDL；
③體內脂酶活性異常和脂質交換障礙；
④載脂脂蛋白AI-CIII-AIV基因異常；
⑤脂肪細胞中脂解障礙等，參見發病機制。
