1、加入酶清潔劑并用酶清潔劑處理膜，這對有機污染特別有效，特別是對蛋白質，油脂和其他有機污染。如果在50℃-60℃的溫度下清洗效果會更好。一般運行10天半個月后，在低壓下使用1％的酶清潔劑一次清洗膜。由于所用的酶洗滌劑的濃度較低，因此需要較長的浸泡時間。
2、檸檬酸溶液，使用1％-2％檸檬酸水溶液在高壓或低壓下連續或循環洗滌膜。該方法對Fe（OH）3污染具有良好的清潔效果。
3、濃鹽水，用濃鹽水清洗密理博純水機配件中的RO膜是很有效的，針對污染嚴重的情況。這是因為高濃度的鹽水會削弱膠體之間的相互作用，并促進膠體聚集形成膠束。
4、過氧化氫溶液，例如0.5L，30％H2O2用12L去離子水稀釋，然后清潔膜表面，此方法對有機污染特別有效。
5、水溶性乳液對于清洗被油和氧化鐵污染的膜非常有效，通常清洗30-60分鐘。
6、用物理原理清洗
簡單的物理清洗方法是用低壓高流量的膜可滲透水沖洗30分鐘，密理博純水機配件中的RO膜經過一定程度的恢復，但長時間后，水的滲透率仍然下降。也可以在低壓下用水和空氣的混合液沖洗膜表面15分鐘，該方法在初始階段對于清潔被有機物污染的膜是有效的。