利用寡核苷酸探針可檢測到靶基因上單個核苷酸的點突變。常用的寡核苷酸探針主要有兩種:單一已知序列的寡核苷酸探針和許多簡并性寡核苷酸探針組成的寡核苷酸探針庫。單一已知序列寡核苷酸探針能與它們的目的序列準確配對,可以準確地設計雜交條件,以保證探針只與目的序列雜交而不與序列相近的非完全配對序列雜交,對于一些未知序列的目的片段則無效。
1、材料：待標記的寡核苷酸(10pmol/μl)。
2、設備：高速離式離心機，恒溫水浴鍋等。
3、試劑：
(1)10×T4多核苷酸激酶緩沖液:0.5mol/L Tris·Cl (pH7.6), 0.1mol/L MgCl2 , 50mmol/L DTT, 1mmol/L Spermidine·HCl, 1mmol/L EDTA (pH8.0)。
(2)[γ-32 P] ATP(比活性7000Ci/mmol; 10mCi/ml)。
(3)T4多核苷酸激酶（10單位/ml）。
4、操作步驟：
(1)100ng寡核苷酸溶于30ml水中。置65℃變性5分鐘，迅速置冰溶中。
(2)立即加入下列試劑：
10×激酶緩沖液 5ml
[g-32P]ATP(比活性7000Ci/mmol;10mCi/ml) 10ml
T4多核苷酸激酶 2ml
加水至 50ml
混勻后置37℃水浴20分鐘。
(3)再加入20單位T4多核苷酸激酶，置37℃水浴20分鐘后立即置冰浴中。
(4)Sephadex G-50柱層析。
此方法是在每個探針的5'末端多加了一個磷酸，理論上，這會影響其與DNA的雜交。因此，建議使用Klenow DNA聚合酶的鏈延伸法獲得高放射性的寡核苷酸探針。
除了常見的同位素標記探針外，還有利用非同位素標記探針和雜交的方法，許多公司都有不同的非同位素標記探針的雜交系統出售，可根據這些公司所提供的操作步驟進行探針的標記和雜交。