（1）腹痛 在疼痛發作期，治療方法近似于對急性胰腺炎的處理。對于小兒慢性胰腺炎控制疼痛很重要，但有時卻很困難。可以用甾體類或非甾體類抗炎藥；補充胰酶以抑制膽囊收縮素的分泌。在間歇期患兒無明顯的疼痛，可只對癥處理。
（2）假性囊腫 小的假性囊腫一般可以自行消失，也可以長期存在而無癥狀。如果囊腫體積較大，6周以上仍然沒有縮小的趨勢，應行引流治療。引流的方法有多種，可在B超或CT的引導下穿刺引流，也可手術引流。
（3）糖尿病 小兒慢性胰腺炎合并有糖尿病時通常為輕度，酮癥酸中毒很少見，如果尿糖的含量很高則需要治療，需相對小劑量的胰島素來維持血糖水平。