（1）膽道蛔蟲癥
①突然發生的右上腹或上腹部鉆頂樣疼痛，發作后可緩解或恢復正常。癥狀嚴重而體征較輕為其特點。
②多無黃疸，有時也較輕。
③右上腹或上腹部無包塊。
④超聲檢查可見膽總管內有蟲體樣回聲影，膽總管可有輕度的擴張，而膽管擴張癥無蟲體樣回聲，可見膽總管的囊狀或梭狀擴張。ERCP可見膽管擴張及胰膽合流異常，而膽道蛔蟲則無。
（2）急性膽囊炎 多發于成人，發熱、右上腹疼痛、觸痛和肌緊張明顯，Murphy征陽性。有時可觸及膽囊隨呼吸移動并較淺表，不像膽總管擴張癥的位置深并范圍大。黃疸如有也較輕。B超的實時檢查多可較容易地鑒別兩者。
（3）腸套疊 本病主要癥狀為較有規律的陣發性腹痛。腹部包塊呈橢圓形或長圓形，易移動，稍偏韌，位置多位于右上方，可有果醬樣大便。鋇灌腸或空氣灌腸可見典型的套疊頭部的杯口狀影。
（4）急性胰腺炎 本病以成人多見，腹痛較劇，常位于上腹正中偏左，可牽涉及左腰背部及左肩部，嚴重者可發生休克，惡心嘔吐、發熱，可有腹膜刺激癥。生化檢查可見血尿淀粉酶明顯增高。行B超、CT檢查，可見腫大的胰腺并且膽總管是正常的。特別值得注意的是本癥病程中20%～40%曾表現高胰淀粉酶血癥，尿中也可查得淀粉酶增高。部分病例為真性合并的胰腺炎，而大多為毛細膽管中的淀粉酶反流入血而引起所謂“假性胰腺炎”的表現。該種病例胰腺病變多較輕。
除了獲得病名診斷和基本分類之外，胰膽管合流異常的存在與否及形態、共同通道內有否結石、肝內膽管有否擴張、肝門部膽管有無狹窄等病變均應在術前或術中了解，以指導正確的治療。