1.血常規和生化檢查 血常規檢查常為大細胞性貧血，也可為正細胞性貧血或混合性貧血。血清鉀、鈉、鈣、鎂、磷等均可降低，血漿白蛋白、膽固醇、磷脂和凝血酶原也可降低，嚴重病例血清葉酸、胡蘿卜素和維生素b12均可降低。
2.篩選試驗
(1)糞便ph測定：糖耐受不良兒新鮮糞便ph多＜6，且經常低于5.5。
(2)糞便還原糖測定(fecal reducing sugar determination)：clinitest試紙、改良班試劑或醋酸鉛法可進行還原糖測定，如≥0.005提示糖吸收不良。
取新鮮糞便1份，加水2份混勻后離心，取上清液1ml，加入clinitest試劑1片，通過與標準卡比色，獲得還原糖濃度，≥0.5g/dl為陽性，新生兒＞0.75g/dl為異常。上述上清液也可加斑氏(benedicat)液后加熱，測還原糖。
由于蔗糖不是還原糖，需將1份糞便加2份1n的hcl，加熱后取上清液，此時蔗糖已被水解為單糖，可按上述方法再測還原糖。由于未被吸收的蔗糖常在結腸內已被細菌分解為還原糖，因此實際上常不需先加hcl水解，但如加酸處理后，糞糖比未處理時顯著增加。提示病兒有蔗糖吸收不良。
糞便中含有其他還原物質，如維生素c可呈現假陽性。
3.呼氣氫試驗(sugar-expiratory test) 方法敏感、可靠、簡便，且無創傷性，但需氣相色譜儀測呼氣中氫含量。人體本身不能產氫，呼氣中氫乃由結腸內糖被細菌發酵所產生，正常人對絕大多數可吸收的糖類在到達結腸前可完全吸收，而腸道細菌發酵代謝未被吸收的糖類是人體呼氣中氫氣的惟一來源，利用這一原理可測定小腸對糖類的吸收不良。
攝入某種試驗糖前后，測定呼氣中的氫氣或14co2，攝入試驗糖后，如呼氣氫升高或呼氣14co2降低，提示存在該糖吸收不良。可在晚間禁食8～12h后，測呼氣氫作為基數，隨即口服待測糖2g/kg，最多不超過50g 。有人主張將劑量減至0.25～0.5g/kg，以減少誘發糖耐受不良癥狀。每隔半小時收集呼氣測氫含量，共2～3h。如氫總量超過空腹時基數值20×10-6ppm，可診斷為被測試糖吸收不良。病兒用抗生素可抑制腸道細菌，可出現假陰性。
4.小腸黏膜活檢雙糖酶活力測定 可通過內鏡或經口插入crosby腸活檢導管，負壓切取薄層腸黏膜，分別進行組織學檢查，及直接測定各種雙糖酶含量，尤其有利于先天性糖吸收不良的診斷。糖吸收不良者，一種或數種雙糖酶活性降低。
5.乳糖耐量試驗(lactose tolerance test) 口服乳糖50g，每30min抽血測血糖，共2h。正常人在口服乳糖后，比空腹血糖增加1.1mmol/l(20mg/dl)以上；乳糖酶缺乏者血糖曲線低平，并出現乳糖不耐受表現。但血糖可受多種因素影響，結果需結合臨床才有意義，且本試驗需多次抽血，近年來已少用。
6.測定糞糖 用層析法可測定糞糖，并區別各種不同種類的糖，也有采用醋酸鉛法測定糞便中乳糖，這些方法對診斷均有參考意義。