1.飲食療法 從理論上講治療很簡單，只要從飲食中除去不耐受的雙糖或單糖即可奏效，但實際執行中有不少具體困難，例如怎樣找到符合要求的飲食，限制糖后熱卡如何維持，糖量限制到什么程度可使病兒保持無癥狀。
(1)先天性葡萄糖、半乳糖吸收不良：可給不含糖的豆奶，另加5%左右果糖喂養，2～3歲后病兒吸收功能常有所恢復，可耐受小量淀粉及乳糖，但含淀粉及乳糖的食物可加至什么程度，需醫生與家屬共同作出努力，反復試驗。
(2)蔗糖-異麥芽糖吸收不良：自幼即須限食蔗糖即可不引起癥狀，如奶制品中不加蔗糖，可用葡萄糖代替，也忌服含糖漿的藥物。隨著兒童成長可漸放松對蔗糖的嚴格限制，但需反復試驗。一般無需限制淀粉，因淀粉中含1,6糖苷鍵的支鏈寡糖的成分很少。
(3)先天性乳糖酶缺乏：病兒禁食乳糖，包括各種乳類及含乳的食品。嬰兒可用不含乳糖的奶粉、豆奶粉或代乳粉喂養，也可購買豆漿100ml＋葡萄糖5～10g按牛奶需要量計算喂養。也可自制豆漿(500g黃豆，4l水，磨制)，制成豆漿后每500ml加食鹽0.5g、乳酸鈣1.5g、淀粉10g、葡萄糖30g。
(4)繼發性雙糖酶缺乏：多數病兒只需暫時限食乳糖或給低乳糖奶，如發酵奶或低乳糖奶粉有的則需同時限制蔗糖。原發病恢復后2～3周內多數病兒雙糖酶功能逐步恢復，即可逐漸恢復正常飲食。小兒腸炎在急性期檢測有60%～70%有乳糖酶缺乏，但是隨著急性腸炎的康復，乳糖酶功能也很快恢復正常，所以急性腸炎時并不需要常規應用或低乳糖飲食。或低乳糖飲食只用在遷延與慢性腹瀉久治不愈者，或檢測伴有乳糖酶缺乏的患兒。
(5)繼發性單糖吸收不良：較少見，需在飲食中去除所有糖，病程中維持足夠熱卡有困難，代謝性酸中毒不易控制，此時常需由靜脈暫時補充一定熱卡，待病人恢復，可逐漸恢復正常飲食。
2.對癥治療 糖吸收不良所引起的脫水、電解質紊亂應首先由靜脈予以糾正。