少數患者有家族史，故考慮為先天性基因異常，可呈現常染色體顯性或隱性遺傳。患者可與C-Kit原癌基因突變和（或）SI基因突變有關。此外，本病與免疫功能異常有關，分為兩種：
1.原發性獲得性純紅再障
通過免疫檢測發現，本癥患者體內存在一組自身抗體（IgG），分別具有抑制促紅細胞生成素（抗促紅素抗體）、抑制幼紅細胞分化增殖（抗幼紅細胞抗體）和抑制血紅蛋白合成（血紅蛋白合成抑制因子）作用。由于導致免疫球蛋白抑制物產生的原因不明，故稱為原發性純紅再障。
2.繼發性獲得性純紅再障
本病繼發于多種不同疾病，表現為單純紅系造血嚴重抑制的一組綜合病征。其中半數以上繼發于胸腺瘤，表現為慢性型。其他為繼發于溶血性貧血、病毒感染（如EB病毒，流感病毒等）、惡性腫瘤、系統性紅斑狼瘡、重度營養不良等疾病。或為藥物（如氯霉素、苯妥英鈉等）和化學物品中毒所致。