病原是痢疾桿菌，屬于腸桿菌的志賀菌屬，分A、B、C、D四群（志賀菌、福氏菌、鮑氏菌、宋內氏菌），我國以福氏志賀菌多見。志賀菌屬經口進入胃腸道，侵入結腸上皮細胞，并生長繁殖，細菌裂解后產生大量內毒素與少量外毒素，志賀菌內毒素從腸壁吸收入血后，引起發熱、毒血癥及急性微循環障礙。
