小兒腹瀉病有多種病因、多種因素所致，分內在因素、感染性及非感染性三類。
1、小兒腹瀉病的內在因素
(1) 消化系統發育不成熟：嬰幼兒時期，胃酸及消化酶分泌不足，消化酶的活性較低，神經系統對胃腸道調節功能較差，不易適應食物的質和量，且生長發育快，營養物質的需要相對較多，胃腸道負擔較大，消化功能經常處于緊張狀態，易發生消化功能紊亂。
(2 )機體防御功能較差：嬰幼兒時期免疫功能相對不夠成熟，血液中的免疫球蛋白和胃腸道SIgA均較低，胃腸屏障功能較弱，胃酸分泌量少，胃腸排空較快，對感染因素防御功能差。另外，新生兒出生后尚未建立完善的腸道正常菌群，對侵入腸道的病原微生物拮抗能力弱，人工喂養者食物中缺乏母乳含有的大量免疫物質，且食物和食具污染機會較多，腸道感染的發生率明顯高于母乳喂養兒。
(3) 體液分布特點：嬰兒細胞間質液較多，且水代謝旺盛，腎功能調節差，易發生體液紊亂。
2、小兒腹瀉病的感染因素
(1) 腸道感染：主要由細菌和病毒引起,有：
① 細菌：除法定傳染病外，有：
A.大腸埃希桿菌(Escherichia Coli，E.Coli)：按其致病機制分類為致病性大腸桿菌(Enteropathogenic E. Coli，EPEC)、產毒素性大腸埃希桿菌(Enterotoxinogenic E.Coli，ETEC)、侵襲性大腸埃希桿菌(Enteroinvasive E.Coli，EIEC)、出血性大腸埃希桿菌(Enterohenor-rhagic E.Coli，EHEC)、黏附性大腸埃希桿菌(Enteroadhesive E.Coli，EAEC)。
B.空腸彎曲菌(Campylobacter jejuni)。
C.耶爾森菌(Yersinia enterocolitica)。
D.其他：鼠傷寒沙門菌(Salmonella typhimurium)、變形桿菌(Proteus)、綠膿桿菌(Pseudomonas aeruginosa)、克雷伯菌(Klebsiella)、金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、難辨梭狀芽孢桿菌(Clostridium difficile)等。
② 病毒：
A.輪狀病毒(Human Rotavirus)，是引起小兒腹瀉病的主要病原。
B.諾沃克病毒(Norwalk virus)。
C.腸道腺病毒(Adenovirus)。
D.其他：星狀病毒(Astrovirus)、杯狀病毒(Calicivirus)、冠狀病毒(Corona virus)等。
③ 真菌和原蟲：真菌感染主要為白色念珠菌(Candida albicans)，一些原蟲的感染如藍氏賈第鞭毛蟲(Giardia lamblia)、結腸小袋蟲(Balantidiumcoli)、隱孢子蟲(cryptosporidium)、阿米巴原蟲(Entamocba hiltolytica)等。
(2) 腸道外感染：小兒患上呼吸道感染、肺炎、腎盂腎炎、中耳炎、皮膚感染及其他急性感染性疾病時可伴有腹瀉，這是由于發熱及病原體毒素的影響，使消化功能紊亂，酶分泌減少，腸蠕動增加所致。
3、小兒腹瀉病的非感染因素，主要為飲食因素、氣候因素和過敏因素。喂養不當是引起腹瀉的主要原因之一。過多過早喂哺大量淀粉類、脂肪類食物，突然改變食物品種和斷奶等均可導致腹瀉。氣候的突然變化，使腸蠕動增加，消化酶和胃酸分泌減少，可誘發腹瀉。一些吸收不良綜合征如乳糖不耐受癥、糖原性腹瀉、先天性氯化物性腹瀉、遺傳性果糖不耐受癥、胰腺囊性纖維性變、原發性腸吸收不良等都可引起腹瀉。牛奶蛋白過敏者，吃牛乳后48h發生水樣瀉。