對代謝缺陷類型已被認識的繼發性Fanconi綜合征,可進行特異性治療,通過飲食療法減少或避免有毒代謝產物積聚的疾病有半乳糖血癥,遺傳性果糖不耐受,酪氨酸血癥Ⅰ型,通過促進排泄治療的疾病有Wilson病和重金屬中毒,由藥物引起的Fanconi綜合征,清除體內藥物可糾正腎小管功能障礙,堅持,恰當地進行特異性治療,可使患者完全恢復正常,對于由腎臟疾病或全身疾病后引起的Fanconi綜合征則相應針對原發病治療。