臨床表現因病因不同有很大差異，一般包括吸收不良和原發疾病兩方面的癥狀。輕者僅有輕度腹瀉輕度貧血和體重減輕。嚴重者常有水瀉，脂肪瀉，腹脹、貧血，消瘦。脂肪吸收不良嚴重者可能發生軟骨病，夜盲甚至低鈣性抽搐，維生素K缺乏可出現皮膚黏膜出血貧血多由于維生素B12缺乏，屬大細胞貧血，有時因腸襻內潴留而致潰瘍時，可因失血出現小細胞貧血或混合性貧血。 低蛋白血癥常見，可出現營養不良性水腫。
原發疾病如手術形成的盲襻或小腸狹窄者，有腹部不適、腹脹，腹瀉并伴有腹瀉前臍部痙攣性疼痛和貧血，在盲襻形成和細菌過度生長之間，一般有一較長的間隔期，短則數月，長則數年。有時原發疾病甚至掩蓋了細菌過度生長癥狀。如小腸克羅恩病引起的腸狹窄或瘺管，硬皮病或假性腸梗阻引起的腸運動減弱。有些原發病引起的吸收不良和細菌過度生長引起的吸收不良很難鑒別，如克羅恩病，放射性腸炎，短腸綜合征、淋巴瘤等。空腸憩室以老年人多見，憩室到細菌過度生長時有多年的間隔期，開始常無癥狀，以后才出現脂肪瀉和貧血。