正常情況下，胃和上段小腸只含少量細菌，這是因為胃酸和小腸的推進運動能抑制和清除細菌，任何導致胃酸過低或引起腸運動減慢或中斷因素均可導致小腸內細菌過度增長。 [1]
1.胃內細菌增生低酸或無酸，胃黏膜萎縮，胃術后運動或解剖異常(如胃大部切除術后殘胃)中幾乎無含壁細胞的胃底腺而致無酸，此外，Sachs研究證明奧美拉唑可抑制壁細胞內H+-K+-ATP酶，使之失活。這種質子泵抑制藥與酶的結合為非可逆性，直到細胞內新酶合成并被運送到頂膜，酶活性才恢復，這一更新過程需48h，故服用1次奧美拉唑可致持續48h低酸。
2.小腸淤積
(1)解剖原因：BillrothⅡ手術或胃切除的輸入袢、十二指腸空腸憩室、手術所致盲襻，再循環襻手術，腸狹窄、粘連、炎癥和淋巴瘤所致梗阻。
(2)小腸運動障礙：硬皮病、特發性小腸假性梗阻、移行性復合運動缺如或障礙、糖尿病自主神經病等
(3)腸異常通道：胃-結腸或空腸-結腸瘺，回盲瓣切除。
3.其他慢性胰腺炎，免疫缺陷綜合征。
小腸細菌過度生長可直接或間接影響腸的結構和功能，引起吸收不良，小腸細菌過度生長時，細菌可同宿主爭奪膳食中的維生素B12。內因子雖可抑制需氧菌對維生素B12的爭奪，使它們攝取維生素B12的速度減慢，但小腸淤積可為其攝取提供時間。此外，內因子并不能抑制擬桿菌對維生素B12的攝取，而腸菌本身雖能合成維生素B12，但它牢固地結合于菌體內，而不能被宿主利用。故可出現維生素B12缺乏，且不能被口服內因子而糾正。不過，由于腸菌合成的葉酸可釋放入腸腔并可被宿主利用，因此不會出現葉酸缺乏。小腸細菌過度生長能干擾膽鹽的代謝，使結合膽鹽分解為游離膽鹽，后者被小腸迅速重吸收。結合膽鹽的減少，使微膠粒不易形成，出現脂肪吸收不良，導致腹瀉，此外，腸腔內游離膽汁酸達到一定濃度時，也能損傷吸收上皮細胞的亞微結構，使糖和蛋白質的吸收受到影響。
盲襻綜合征患者木糖耐量試驗異常，可能因為細菌分解利用木糖所致。利用14C木糖飼食盲襻動物，可測出動物尿中木糖含量下降，而呼氣中的14CO2含量增加，臨床上就是根據這一原理，用14C木糖呼氣試驗進行診斷。
小腸細菌過度生長常見蛋白質丟失，患者糞和尿中含氮物增多，低蛋白血癥是由于腸菌影響氨基酸的吸收以及蛋白丟失性腸病所致。