1.14C木糖呼氣試驗木糖多為腸菌分解，僅部分被腸吸收，吸收的部位主要在小腸近段，很少受遠段小腸和結腸細菌以及吸收不良的影響。腸菌過度生長使14C標記的木糖分解增多，CO2產生增多，1g14C木糖呼氣試驗具有較好的敏感性和特異性，85%的患者在試驗開始后的第1個60min內，呼氣中的14CO2升高，以30min呼氣標本最為可靠，常作為各種呼氣試驗的首選方法。
2.氫呼氣試驗底物有乳果糖和葡萄糖，被腸菌分解后產生氫。也作為了解腸道運動的時間和吸收狀況的方法，有人比較10g乳果糖和80g葡萄糖氫呼氣試驗，前者的敏感性為68%，特異性為44%；后者分別為62%和85%。該方法無放射性，操作簡單，但有較多條件限制，個體差異較大，甚至有些菌叢代謝時不產生氫，國內報道甘露醇氫呼氣試驗的敏感性為71%，特異性為67%。
3.14C甘氨酸呼氣試驗
膽鹽或14C甘氨膽酸由膽鹽中分離出來在回腸被吸收，經過代謝變為14CO2。該方法的特異性不如木糖呼氣試驗，假陽性結果高達30%～40%，原因是回腸病變或回腸切除術后，膽鹽進入結腸分解，有時很難了解膽酸是否都在小腸，作該試驗時常需同時作糞14C膽酸分析。