病理性尿痛的病因很多，但主要是膀胱及尿道疾病。
1.膀胱尿道受刺激
最常見為炎癥性刺激，如腎盂腎炎、腎結石合并感染、腎結核、膀胱炎、尿道炎、前列腺炎、陰道炎等，在急性炎癥和泌尿系活動性結核時最為明顯。非炎癥性刺激如結石、腫瘤、膀胱或尿道內異物、膀胱瘺和妊娠壓迫等。
2.膀胱容量減少
如膀胱占位性病變，或膀胱壁炎癥浸潤、硬化、攣縮所致膀胱容量減少。
3.膀胱神經功能調節失常
見于精神緊張和癔病，可伴有尿急，但無尿痛。
4.女性尿痛
最常見原因是尿路感染，包括腎盂腎炎、膀胱炎和尿道炎，另外陰道炎、老年萎縮性陰道炎、膀胱收縮和括約肌松弛以及膀胱腫瘤等都可造成尿痛。
5.男性尿痛
可有前列腺炎、尿路感染、性病等。