（1）代謝異常
形成結石的成分大多是由人體代謝產物構成，不同成分的結石可以反映體內相應成分的代謝異常。尿液內常見的能夠形成結石的成分包括鈣、草酸、尿酸和胱氨酸等，任何生理紊亂造成成分異常都可能引起結石形成和促進結石生長。常見的能夠引起代謝產物異常的原因有：
①形成結石的物質排出增加：長期臥床或甲狀旁腺功能亢進者尿鈣增加；痛風病人尿酸排出增多；內源性合成草酸增加或腸道吸收草酸增加引起高草酸尿癥；家族性胱氨酸尿癥病人胱氨酸排出量增加。
②尿pH改變：在堿性尿中易形成磷酸鎂銨及磷酸鹽沉淀；在酸性尿中易形成尿酸和胱氨酸結晶。
③尿中抑制晶體形成和聚集的物質減少：當尿液中抑制結石的物質（如枸櫞酸、焦磷酸鹽、酸性黏多糖鎂等）產生不足，會促進結石形成。
④尿量減少：患者的尿量減少，會導致尿中鹽類和有機物質的濃度增高。
（2）局部病因
尿路梗阻、感染和尿路存在異物均是誘發結石形成的局部因素，梗阻可以導致感染和結石形成，而結石本身也是尿路異物，后者會加重梗阻與感染的程度。
（3）藥物因素
一些藥物的使用，同樣可能引起結石，相關的藥物分兩類：
①尿液的濃度高而溶解度比較低的藥物：如氨苯蝶啶、茚地那韋、硅酸鎂和磺胺類藥物等，這些藥物本身就是結石的成分。
②誘發結石形成的藥物：如乙酰唑胺、維生素D、維生素C和皮質激素等，這些藥物在代謝過程中可引起其他成分結石的形成。