1、排尿困難
結石嵌頓于尿道可引起排尿困難、尿線變細或滴瀝狀，有時出現尿流中斷及尿潴留。完全梗阻則發生急性尿潴留。
2、疼痛
排尿有時有明顯的疼痛，且放射至陰莖頭部。后尿道結石有會陰和陰囊部疼痛。結石部位有明顯疼痛和壓痛，若合并感染則局部疼痛加劇，尿道口有膿性分泌物，膀胱刺激癥狀加劇。
3、腫物
前尿道結石可于陰莖體部觸及結節狀腫物，尿道外口偶可見露出的部分結石。
4、尿道憩室結石
女性尿道憩室結石主要為下尿路感染癥狀，有尿頻、尿急、排尿痛、膿尿及血尿，性交痛為突出的癥狀，有時有尿道排膿。男性尿道憩室中結石除尿道有分泌物及尿痛外，在陰莖下方還可出現一逐漸增大且較硬的腫物，有明顯壓痛但無排尿梗阻癥狀。有的患者可摸到隨排尿壓力充氣的囊狀憩室。