本病的診斷臨床上并沒有可靠的指標，在FSGS的診斷中應依靠腎活檢并注意排除各種可能的繼發性因素如HIV感染吸毒等。仔細詢問病史、體檢和實驗室檢查有助于鑒別診斷。例如，表現為腎病綜合征或單純性蛋白尿患者伴有近端腎小管功能損害；持續性腎病綜合征伴有高血壓、鏡下血尿、非選擇性蛋白尿；對激素不敏感的患者應懷疑FSGS。
腎活檢檢查有助于診斷，典型的局灶節段性腎小球硬化(FSGS)的特征為局灶損害，影響少數腎小球(局灶)及腎小球的局部(節段)。起始于近髓質的腎小球受累，輕者僅累及數個毛細血管襻區重者波及大部分腎小球，病變呈均勻一致的無細胞或細胞極少的透明變性物質(襻內泡沫細胞、透明滴)，嚴重者見球囊粘連，臟層上皮細胞增生形成“帽樣”結構，甚至出現“臍部”病變。
另一種為局灶性全腎小球硬化。受累腎單位的腎小管上皮細胞常萎縮，周圍基質見細胞浸潤，纖維化。電鏡下顯示大部分腎小球或全部腎小球足突融合上皮細胞及其足突與基底膜脫離，內皮細胞和系膜處有電子致密物沉積。免疫熒光檢查在硬化區見IgM及C3呈不規則、團狀、結節狀沉積。無病變的腎小球呈陰性或彌漫IgMC3沉積，IgA、IgG少見。本病易誤診為微小病變腎病，故需結合臨床表現腎組織學所見、對激素治療的反應以及有無自發緩解或藥物誘導緩解等全面考慮。有助于FSGS與MCD的鑒別診斷。腎小球局灶節段性硬化除了可見于FSGS之外還可見于多種腎臟疾病的慢性發展過程如梗阻性腎病、反流性腎病、AIDS病人及二醋嗎啡成癮者；甚至可見于過度肥胖者。因此，要綜合分析作出正確診斷。