為加強水污染防治，保護和改善水環境，菏澤市出臺了水環境質量生態補償暫行辦法，自7月1日起施行。以縣區出境斷面化學需氧量(COD)、氨氮(NH3-N)平均濃度較目標值情況作為考核指標，建立有效水環境生態補償機制，以“誰污染、誰補償”、“誰保護、誰受益”為原則。以每升水為單位，化學需氧量若超過30毫克，超出部分每毫克要交2萬元，氨氮若超過1.5毫克，超出部分每毫克要交30萬，反之則獎勵相應的獎金。
菏澤環境保護行政主管部門負責制定水環境生態補償水質監測方案，確定水環境生態補償水質監測斷面、監測項目、監測頻次，并確保水環境生態補償水質監測數據客觀公正。
縣區水質考核目標值為地表水Ⅳ類水質標準，即化學需氧量30毫克/升、氨氮1.5毫克/升。污染物濃度以毫克/升計，生態補償資金系數為：化學需氧量2萬元/毫克/升，氨氮30萬元/毫克/升。補償金的計算辦法為：縣區補償金額度=(30-本年考核季度化學需氧量平均濃度)×2萬+(1.5-本年考核季度氨氮平均濃度)×30萬。打比方，一個縣區河流出境斷面中化學需氧量為20毫克/升、氨氮為1毫克/升，那么這個縣區的補償金為(30-20)×2萬+(1.5-1)×30萬=45萬。也就是說縣區河流出境斷面，化學需氧量與氨氮平均濃度這兩個指標越低，縣區獲得的獎金也就越多。反之，若是指標越高，上交的補償金也就越多。
市對縣區實行季度考核，每季度根據對縣區斷面水質監測數據計算市級對各縣區補償金額度，每季度公布一次，按年度統一結算。縣區向市級補償的資金納入市級生態補償資金庫，專項用于補償水環境質量改善的縣區。
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