從立項之初到建設至今，三峽工程始終與爭議相伴。
1986年6月啟動、歷時兩年8個月的三峽工程論證工作與可行性研究（簡稱“原論證”）對于該工程進入正式建設階段起了決定性的推動作用，一直以來都是爭議的焦點之一。
2010年12月17日，中國工程院三峽工程階段性評估項目組終于對原論證的結論給出了明確的評估意見。中國工程院原副院長、評估專家組組長沈國舫代表專家組表示：“實踐證明，‘原論證’的總結論和建設方案是完全正確的。”其“建比不建好，早建比晚建好”的總結論；推薦水庫正常蓄水位175米；“一級開發，一次建成，分期蓄水，連續移民”的建設方案，為黨中央、國務院和全國人大的決策提供了科學依據，并經受了工程建設和初期運行的實踐檢驗。
不過，與此同時，項目組也指出：“三峽工程是一項巨大的綜合性工程，其運行的效益和影響的顯示還需要一個較長的過程才能充分顯現出來。本次評估只是一個階段性工作。”
在12月17日首次發布的《三峽階段性評估報告?綜合卷》中，專家組指出，未來三峽工程還有三大重要問題需要給予持續關注。
水質問題成隱患 在項目組給出的評估意見中，生態環境專題屬于科學和工程技術學科，又與經濟社會發展有著極為密切的聯系。項目組認為，目前看來，三峽工程生態環境問題及其影響基本上沒有超出“原論證”報告的預測范圍，在定量的預測上有些出入，但尚不至于產生大的不良后果。
原估計不足或始料未及的問題主要有：庫區結構性污染突出，污染物排放量遠高于原預測；沒有注意到影響區、上游區污染物排放和水質的不利影響；對農村面源污染估計不足。
沈國舫表示：“盡管到目前為止，三峽干流部分的水質仍保持在較好水平，但部分支流及其向干流匯入區域的水質已有明顯惡化跡象。對這個問題如不從更廣泛的角度加以認知和對待，必將對未來造成巨大的隱患。”
據了解，三峽庫區水質的好壞和變化，不僅取決于庫區內的污染物排放和污染治理狀況，同時也與上游來水的質量密切相關。三峽庫區上游流域面積大，接納的城市生活污水和農村面源排放的氮磷污染物多，相當一部分回流到庫區，是導致庫區一級支流富營養化的重要原因。
三峽總公司原總經理、中國工程院院士陸佑楣指出，隨著三峽地區經濟的發展，目前三峽庫區人口有倒流的現象。而依據項目組的意見，為保證三峽庫區擁有良好的生態環境，應將三峽庫區列為“控制性”、“保護性”發展區域，嚴格控制人口規模，達到“零增長”，盡可能實現負增長，同時將庫區列為農業現代化重點先行區，采取綜合措施減少面源污染。
兩院院士潘家錚大力呼吁，為了三峽水庫以及長江的水質，長江沿岸的百姓一定要改變千百年來將長江當做“天然下水道”的做法。
中國長江三峽集團公司總經理陳飛告訴《科學時報》記者，當前的一個不合理現象是，庫區和上游城鎮已經建設了大量污水處理和垃圾處理系統，卻沒有真正地運行起來。他強調，三峽水庫的水質問題不僅是三峽庫區的問題，也是長江流域180萬平方公里幾億人口應共同關注的問題。
地質災害三五年內要充分重視 在階段性評估項目組出具的報告中，專家對三峽工程的熱點問題進行了認真分析，指出三峽不會成為“第二個三門峽”；川渝大旱和暴雨等與三峽工程沒有必然聯系；總體上講，三峽工程不會引起長江口的鹽水入侵增加等等。
其中，有關地質災害的話題成為大家關注的重點。專家組得出如下結論：汶川地震并非由三峽水庫蓄水觸發；庫區地質災害是可以控制的；三峽蓄水后，長江中下游的河勢總體上未發生巨大變化，“崩岸”現象雖較蓄水前有所增多，但采取切實措施是可以保證堤防安全的。
項目組指出，三峽河谷發育歷史表明，該地區滑坡崩塌地質災害是自然演化的過程，環境比較脆弱，環境容量有限，崩塌、滑坡災害是一個必然要發生的動力地質現象。
依照國內外已有水庫蓄水的經驗，推斷三峽水庫蓄水175米后至運行初期的3～5年內，可能會產生滑坡及涌浪災害，應予以充分重視。地質災害防治將是一項長期的艱巨任務，5年后也仍需予以監控治理。
移民安居致富任重道遠 三峽工程移民人數眾多，情況復雜，是三峽工程建設的難點和關鍵，也是社會關注的焦點。
據悉，三峽移民搬遷安置從1993年開始，按不同高程分段實施。截至2008年6月底，三峽庫區175米高程以下移民搬遷任務已全部完成，淹沒涉及的12座城市和114座集鎮已完成整體搬遷。累計搬遷移民逾120萬人。外遷到四川、江蘇、上海等12個省份的20萬移民已基本融入了當地生活。
沈國舫代表項目組表示，截至目前，三峽庫區移民工作已經取得階段性成果，移民“搬得出”的任務已基本完成，但是要真正實現“穩得住、逐步能致富”的目標還任重而道遠。
據介紹，當前三峽庫區還存在這樣一些問題：由于耕地少，庫區“人多地少”的基礎性矛盾比工程建設前更加突出，部分后靠農村移民耕地資源嚴重不足且質量不高，生產生活困難。庫區產業發展基礎差，支柱產業尚未形成產業鏈，經濟總量低、競爭力弱，導致城鎮失業率高，移民勞動力就業困難，同時移民社會保障問題突出。
項目組認為，三峽庫區存在的上述問題，直接影響到庫區經濟發展和社會穩定。從建設環境友好型和資源節約型社會的要求出發，最根本的出路是減少庫區人口。
為此，項目組建議，要大力創造三峽庫區人口外向型轉移的機遇和機制。對口支援的省份要制定有效吸納三峽庫區勞動力的機制，制定勞動力轉移指標，為庫區勞動力長期居住和創業創造有利的環境和條件，以此逐步減少庫區人口，改善庫區生態環境。
