（1）貧血 貧血起病隱匿，特別是維生素B12缺乏者常需數月。而葉酸由于體內儲存量少，可較快出現缺乏。某些接觸氧化亞氮者、ICU病房或血液透析的患者，以及妊娠婦女可在短期內出現缺乏，臨床上一般表現為中度至重度貧血，除貧血的癥狀如乏力、頭暈、活動后氣短心悸外，嚴重貧血者可有輕度黃疸，可同時有白細胞數和血小板減少，患者偶有感染及出血傾向
（2）胃腸道癥狀 胃腸道癥狀表現為反復發作的舌炎，舌面光滑、乳突及味覺消失、食欲不振。腹脹、腹瀉及便秘偶見。
（3）神經系統癥狀 維生素B12缺乏特別是惡性貧血的患者常有神經系統癥狀，主要是由于脊髓后、側索和周圍神經受損所致。表現為乏力、手足對稱性麻木、感覺障礙、下肢步態不穩、行走困難。小兒及老年人常表現腦神經受損的精神異常、無欲、抑郁、嗜睡或精神錯亂。部分巨幼細胞貧血患者的神經系統癥狀可發生于貧血之前。
上述三組癥狀在巨幼細胞貧血患者中可同時存在也可單獨發生，同時存在時其嚴重程度也可不一致。