體環11-12，尾環31-34；背鰭13-15；胸鰭10-11；臀鰭小或無，成魚不具臀鰭。
巴氏豆丁海馬體型非常小，最大高度2.4厘米；成熟時最小高度為1.3厘米。頭部與軀干區隔不明顯。吻非常短，約與眼徑同寬，前方彭大。體呈肉質狀，體環及尾環相當不發達。軀干腹側分節不完全。全身布滿不規則突起之結節，周邊覆蓋軟組織。頭冠為一個圓球狀。眼前及頰部各具有一圓形突棘。
巴氏豆丁海馬具有兩種顏色型態：一種為灰白色具有粉紅或紅色結節，此型通常棲息在紅色柳珊瑚（Muricella plectana）上；另一種為黃色具有橙色結節，此型通常棲息在黃色柳珊瑚（Muricella paraplectana）上。