染色質可以分為兩種類群，異染色質和常染色質。最開始，這兩種形式是通過其在染色之后的顏色深淺區分的，常染色質一般著色較淺，而異染色質著色很深，表明其緊密聚集。異染色質通常集中在細胞核的邊緣區域。然而，不同于這種早期的二分法，最近的研究表明在動物和植物體內都擁有不止這兩種染色體結構，可能會有四到五種，區別在于其上表觀遺傳標記的不同。
一般來說，常染色質通過G顯帶技術表現為淺色帶狀，這樣的結構在光學顯微鏡下可見，其顏色與異染色質較深的染色不同。其染色較淺是由于其聚集程度較低導致的。常染色體的基本結構是一條細長且開放未折疊的10納米長微纖維。在原核細胞中，常染色質是其染色質的唯一存在形式；這表明異染色質是一種與細胞核一同在原核細胞之后才進化出的結構，同時也可能是一種解決真核細胞越來越大的基因組與有限的細胞核空間之間沖突的機制。