去活性疫苗
透過熱或化學藥劑將致病微生物結構破壞或將其殺死，但因部分結構仍完整，可誘起免疫反應達到疫苗接種之目的，如流感、霍亂、腺鼠疫、甲型肝炎，但由于毒性較低、時效短、無法引起完整的反應，有時必須追加施打。
活體減毒疫苗
利用培養技術制造出的活體微生物，在制程中利用添加化學藥劑、改變遺傳物質、或是施以物理變化，以得到減低或去除毒性的品種。由于免疫反應主要偵測的是病菌本身外部的構造，因此減去毒性物質或微生物代謝產物仍可有效產生施打疫苗者的免疫力。例如：黃熱病、痳疹、腮腺炎疫苗。活體結核疫苗是以不具傳染性的結核菌株（strain）所制，但卡介苗在美國卻鮮少使用。
類毒素疫苗
某些微生物本身無害，但其產生、釋放之毒素是疾病的根源，部分科學家將此類毒素改造或破壞以達到免疫反應所需的基本誘發功能，卻不傷害接種者，例如破傷風和白喉疫苗。
次單元疫苗
有些毒素或微生物只需利用部分結構即可引發免疫反應，例如乙型肝炎疫苗僅含有該種病毒的表面蛋白質。