（1）分離細菌時，在培養基中加入濃度為50U/ml制霉菌素，可以抑制霉菌和酵母菌的生長。
（2）分離放線菌時，在樣品中加入0.05%十二烷基磺酸鈉（SDS）不僅可以抑制細菌的生長，還能激活放線菌孢子的萌發。加入氟哌酸（5mg/L）+制霉菌素（50mg/L）+青霉素（0.8mg/L）也可以有效地抑制細菌和真菌，而不影響放線菌的生長。
（3）分離霉菌和酵母菌時，在培養基中加入青霉素、鏈霉素和四環素各30U/ml，可以抑制細菌和放線菌生長。
（4）分離根霉和毛霉時，由于這些微生物的菌絲易蔓延成片，難以得到純化的菌落，通常在培養基中添加0.1%去氧膽酸鈉或山梨醇防止菌絲蔓延，使菌落長得小而緊密。
一般用于分離單一目的微生物的培養基中均含有抑制其他微生物的抑制劑，這些專用的抑制劑在小型實驗室配制較麻煩，現已有成品供應，只要直接加入基礎培養基即可。如氨芐西林，主要用于分離親水氣單孢菌。
1、細菌培養基
配方一 牛肉膏瓊脂培養基
牛肉膏0.3克 ，蛋白胨1.0克，氯化鈉 0.5克，瓊脂 1.5克，
水 1000毫升
在燒杯內加水100毫升，放入牛肉膏、蛋白胨和氯化鈉，用蠟筆在燒杯外作上記號后，放在火上加熱。待燒杯內各組分溶解后，加入瓊脂，不斷攪拌以免粘底。等瓊脂完全溶解后補足失水，用10%鹽酸或10%的氫氧化鈉調整pH值到7.2～7.6,分裝在各個試管里，加棉花塞，用高壓蒸汽滅菌30分鐘。
配方二 馬鈴薯培養基
取新鮮牛心（除去脂肪和血管）250克，用刀細細剁成肉末后，加入500毫升蒸餾水和5克蛋白胨。在燒杯上做好記號，煮沸，轉用文火燉2小時。過濾，濾出的肉末干燥處理，濾液pH值調到7.5左右。每支試管內加入10毫升肉湯和少量碎末狀的干牛心，滅菌，備用。
配方四 根瘤菌培養基
葡萄糖 10克 磷酸氫二鉀 0.5克
碳酸鈣 3克 硫酸鎂 0.2克
酵母粉 0.4克 瓊脂 20克
水 1000毫升 1%結晶紫溶液 1毫升
先把瓊脂加水煮沸溶解，然后分別加入其他組分，攪拌使溶解后，分裝，滅菌，備用。
2、放線菌培養基
配方一 淀粉瓊脂培養基（高氏培養基）
可溶性淀粉 2克 硝酸鉀 0.1克
磷酸氫二鉀 0.05克 氯化鈉 0.05克
硫酸鎂 0.05克 硫酸亞鐵 0.001克
瓊脂 2克 水 1000毫升
先把淀粉放在燒杯里，用5毫升水調成糊狀后，倒入95毫升水，攪勻后加入其他藥品，使它溶解。在燒杯外做好記號，加熱到煮沸時加入瓊脂，不停攪拌，待瓊脂完全溶解后，補足失水。調整pH值到7.2～7.4，分裝后滅菌，備用。
配方二 面粉瓊脂培養基
面粉 60克 瓊脂 20克
水 1000毫升
把面粉用水調成糊狀，加水到500毫升，放在文火上煮30分鐘。另取500毫升水，放入瓊脂，加熱煮沸到溶解后，把兩液調勻，補充水分，調整pH值到7.4，分裝，滅菌，備用。
3、真菌培養基
配方一 薩市（Sabouraud’s）培養基
蛋白胨 10克 瓊脂 20克
麥芽糖 40克 水 1000毫升
先把蛋白胨、瓊脂加水后，加熱，不斷攪拌，待瓊脂溶解后，加入40克麥芽糖（或葡萄糖），攪拌，使它溶解，然后分裝，滅菌，備用。
本培養菌是培養許多種類真菌所常用的。
配方二 馬鈴薯糖瓊脂培養基
把馬鈴薯洗凈去皮，取200克切成小塊，加水1000毫升，煮沸半小時后，補足水分。在濾液中加入10克瓊脂，煮沸溶解后加糖20克（用于培養霉菌的加入蔗糖，用于培養酵母菌的加入葡萄糖），補足水分，分裝，滅菌，備用。
把這培養基的pH值調到7.2～7.4，配方中的糖，如用葡萄糖還可用來培養放線菌和芽孢桿菌。
配方三 黃豆芽汁培養基
黃豆芽 100克 瓊脂 15克
葡萄糖 20克 水 1000毫升
洗凈黃豆芽，加水煮沸30分鐘。用紗布過濾，濾液中加入瓊脂，加熱溶解后放入糖，攪拌使它溶解，補足水分到1000毫升，分裝，滅菌，備用。
把這培養基的pH值調到7.2～7.4，可用來培養細菌和放線菌。
配方四 豌豆瓊脂培養基
豌豆 80粒 瓊脂 5克
水 200毫升
取80粒干豌豆加水，煮沸1小時，用紗布過濾后，在濾液中加入瓊脂，煮沸到溶解，分裝，滅菌，備用。
4、食用菌菌種培養基
配方一 馬鈴薯—蔗糖--瓊脂培養基
20%馬鈴薯煮汁 1000毫升
蔗糖 20克 瓊脂 18克
把馬鈴薯洗凈去皮后，切成小塊。稱取馬鈴薯小塊200克，加水1000毫升，煮沸20分鐘后，過濾。在濾汁中補足水分到1000毫升，即成20%馬鈴薯煮汁。在馬鈴薯煮汁中加入瓊脂和蔗糖，煮沸，使它溶解后，補足水分，分裝，滅菌，備用。使用該培養基對pH值要求不嚴格，可以不測定。
配方二 綜合馬鈴薯培養基
20%馬鈴薯煮汁 1000毫升
磷酸二氫鉀 3克 硫酸鎂 1.5克
葡萄糖 20克 維生素 10毫克
瓊脂 18克
先配制20%馬鈴薯煮汁，方法同上。在煮汁中加入上述各種組分，加熱溶解后補足水分，調整pH值到6。分裝，滅菌，備用。 該培養基用于培養和保存靈芝、平菇、香菇等食用菌菌種。