末端標記(end labeling)是利用酶學方法或化學方法將標記物,如同位素、生物素、熒光素等標記到核苷酸鏈的5'或3'端制備探針。酶學方法中常用的酶有:經枯草桿菌蛋白酶水解大腸桿菌 DNA 聚合酶Ⅰ形成具有5'→3'聚合酶活性和3'→5'外切酶活性而缺乏5'→3'外切酶活性的 Klenow 片段;具有5'→3'聚合酶活性和較強的3'→5'外切酶活性的 T4 DNA 聚合酶;具有催化 ATP 的磷酸轉移到 DNA 或 RNA 5'-OH 末端的T4多核苷酸激酶;具有催化單鏈 DNA 或 RNA 5'-磷酸基團與單鏈 DNA 或 RNA 3'-羥基連接的 T4 RNA 連接酶等。采用化學方法將 RNA 3'端用過碘酸鹽氧化,以一個二胺(或多胺)或細胞色素 c 為橋連接生物素,制備生物素標記探針。也有將合成寡核苷酸5'端制成酞菁衍生物,再與醛化酶結合制備酶標探針。
末端標記適用面廣,可根據實驗要求選擇適宜的標記程序。例如要對帶有 BamH Ⅰ酶切終點的 DNA 段進行末端標記,因 BamH Ⅰ切割DNA 所產生的末端是3'凹陷末端,反應時將帶有3'凸出端的 DNA 片段與 dATP、dCTP、dTTP、Tris-HCl、MgCl2、DTT、NaCl、〔α-32P〕dGTP、Klenow 片段混合,22℃保溫30min,70℃加熱 10min 終止反應,經乙醇沉淀,溶于 TE 緩沖液即可作探針。