常用晶體有 LiF、PET（用于檢測 Si、Al）、Ge（用于檢測P）、NaCl 、TAP （用于檢測 Mg 、Na 、F），其中 TAP、PET、NaCl 等都是耐潮能力差的晶體，容易損壞，特別是 NaCl 容易潮解。TAP、PET的使用壽命一般為 5~6 年，因為太硬，容易出現裂紋，一般不影響使用，但翹起來的時候就需要修復了。這些晶體的表面經再次磨制后一般都能恢復原狀。另外，強酸或強堿的化學腐蝕對 TAP 的損害很大，使用時一定要注意。晶體是儀器內最脆弱的部件，盡量不要用手接觸衍射面，如果手或其他東西碰到了晶體的衍射面，手上的汗或其他物質滲到晶體的表面，使晶體表面的晶格間距發生變化，這樣就會污染晶體，而 X 射線熒光的衍射主要發生在晶體的表面，因此會造成 2θ 掃描的峰形不光滑。這種故障一時很難消除。