1、α-甘露糖苷酶。在N-糖基化過程中所涉及的甘露糖苷酶,依據它們所催化水解鍵位的不同主要可分為α-甘露糖苷酶和β-甘露糖苷酶,它們分別參與甘露糖α-1, 2、α-1, 3、α-1, 6和β-1, 4糖苷鍵的水解過程。迄今為止,已克隆的α-甘露糖苷酶cDNA 20多種,其中來自人類的6種。α-甘露糖苷酶主要存在于內質網、高爾基體、溶酶體和胞漿其它細胞器中,功能是剪接寡糖結構末端不同連接的甘露糖殘基,形成高甘露糖型、復雜型、雜合型的N-寡糖。依據底物特異性、酶分子量大小、保守序列的結構域及對生物堿抑制作用的敏感性,Moremen于1994年把已經發現的α-甘露糖苷酶分成Ⅰ類和Ⅱ類兩大類。
2、阿拉伯糖苷酶。現已提純的阿拉伯糖苷酶,根據其氨基酸序列,基本上屬于糖基水解酶3、10、43、51、54、64這6個家族。根據底物專一性的異同,阿拉伯糖苷酶又可分為兩類:阿拉伯糖苷酶A一般降解末端的阿拉伯糖基,阿拉伯糖苷酶B既能降解末端的阿拉伯糖基,也能切阿拉伯糖基的側枝。在細菌和真菌中都已有阿拉伯糖苷酶被提純和定性。阿拉伯糖苷酶可分布在胞內、胞外和胞膜上,有的是單聚體,而有的形成二聚體或多聚體，如從Butyrivibrio fibrisolvensGS113提純的阿拉伯糖苷酶就是個八聚體。而且有些阿拉伯糖苷酶是由不同的亞基聚集而成的,如Bacillus stearothermophilus產生的阿拉伯糖苷酶含有兩個不同的亞基。
3、β-木糖苷酶。β-木糖苷酶在自然界中分布廣泛,現已從細菌、放線菌和真菌(包括酵母)等微生物和高等植物中分離得到。β-木糖苷酶是一種外切酶,主要催化水解木糖苷,并以外切方式從非還原性末端水解木二糖及木二糖以上的低聚木糖,水解產物為木糖。木聚糖類半纖維素酶解時一般由木聚糖酶從主鏈內部先作用于長鏈木聚糖的糖苷鍵上,將木聚糖隨機切成不同鏈長的低聚木糖,再由β-木糖苷酶作用于低聚木糖的末端,將這些短鏈低聚木糖降解成木糖。β-木糖苷酶還可以作用于萜類、甾體等甙元與木糖形成的糖苷鍵,釋放出甙元。
4、殼三糖苷酶。殼三糖苷酶(Chitotriosidase, CT)是一種功能性幾丁質酶(E. C. 3. 2. 1. 14)。幾丁質酶是一類可以水解幾丁質的蛋白質,存在于原核生物和真核生物的多種物種體內,因其與物種受到外來侵襲后的防御反應以及信號轉導等有密切關系,所以在抵抗外來病原體,特別是植物抗真菌病的基因工程中應用廣泛。人類曾被認為是沒有也不能降解幾丁質成分的,因此長期以來幾丁質酶均被作為化療藥物,如抗真菌藥物、抗瘧疾藥物、殺蟲劑等的靶標。但是最近,Boot等發現了人體內也存在幾丁質酶,將其稱為殼三糖苷酶。核酸序列分析發現,殼三糖苷酶與其他物種的幾丁質酶家族成員具有高度同源性。
5、硫代糖苷酶。微生物糖苷酶來源廣泛,種類繁多,有些糖苷酶除具有水解活性外,還具有轉基活性,該性質使其成為糖類合成的重要工具,被用于大規模合成多種O-糖苷。近三年研究發現,微生物糖苷酶的一類新型突變酶即硫代糖苷酶(thioglycoligases)能催化硫代糖苷(thioglycosides)的合成,這一發現引起了科學家的極大興趣。硫代糖苷是O-糖苷類似物,糖單位組成和空間結構與O-糖苷類似,不同之處僅在于糖苷鍵通過硫原子起連接作用,不易被糖苷酶水解,具有重要的研究價值:由于化學水解和酶解速率低,可以解決O-糖苷易被內源糖苷酶水解的問題,從而作為O-糖苷替代品,應用于藥物療法；作為糖苷酶的競爭性抑制劑,與糖苷酶形成穩定的復合物用于X-射線晶體結構分析,研究糖苷酶特異性和作用機制,探索其突變或缺陷引起人類疾病的分子機理；用于制備親和樹脂純化糖苷酶蛋白；作為非降解性配體用于凝集素研究等。由于硫代糖苷在生物技術和制藥業方面的潛在價值越來越受到關注,相應地,其大量獲得也成為當今研究的熱點。