1. 干熱滅菌器可分為室驗室器具用，生產制劑用，生產器具用干熱滅菌設備。
2. 干熱滅菌器按使用方式分為連續式和批量式，批量式干熱滅菌設備如干熱烘箱，可用于內毒素檢驗用玻璃、金屬器具的滅菌和除熱原，以及生產設備部件、生產器具的滅菌除熱原；連續干熱滅菌設備，如隧道烘箱，可用于小容量注射劑的生產。
3. 干熱滅菌器按加熱方式可分為：以輻射加熱為主的熱輻射式干熱滅菌機和以對流加熱為主的熱層流加熱式干熱滅菌機等。
干熱滅菌器主要有烘箱、干熱滅菌柜、隧道滅菌系統等設備系統。其中，干熱滅菌柜、隧道滅菌系統是制藥行業用于對玻璃容器進行滅菌干燥工藝的配套設備，適用于藥廠清洗后的安瓿瓶或其他的玻璃容器，主要用盤裝的方式進行滅菌干燥。