胚胎干細胞與基因定位整合技術相結合,對于研究基因在胚胎發育中的表達與功能具有十分重要的意義。利用這項技術可以將一些在發育過程中特定的基因敲除,在動物體內進行基因功能缺失的研究,這對于據示以前不能在體內充分證明的分子調控機制也具有重要的作用,此外,還可以在干細胞水平上利用基因功能獲得性突變使特定基因在體內瞬時或長期表達,來研究基因在胚胎不同發育時期的作用。