簡單說一下原理：
現在流式分選一般都是電荷式分選，即對感興趣的目標細胞所在的液滴充上電荷，液滴經過電極板，通過電場作用發生偏轉，從而實現分選。
磁珠分選首先使用磁珠偶聯的抗體去標記細胞，然后把標記好的細胞過柱子（柱子周圍連磁鐵），帶磁珠的細胞就留在柱子上，不帶磁珠的細胞就流走了，從而實現分選。
現在可以比較不同了：
1、對細胞的刺激。 我覺得磁珠分選最大的優勢就是對細胞的刺激要小一點。因為流式分選細胞首先要經過幾十微米的噴嘴，然后要被充電，還要經過幾千伏的電場，最后以幾十米每秒的速度落到收集管里面，有些原代細胞就受不了，分選免疫細胞也要考慮細胞活化的影響；而磁珠分選相對來說就對細胞沒什么刺激。
2、設備要求。 磁珠分選小的實驗室就能做，買一些專用的磁鐵和柱子就可以了，而流式分選就需要分選型的流式細胞儀，都是幾百萬以上的。對操作員的要求來說，流式分選也要高一點，需要專門培訓，需要注意的細節也要多很多。
當然如果你周圍有什么流式平臺的話，磁珠分選和流式分選的成本應該是差不多的，流式分選一次大約1-2千（各地方不同），磁珠分選的柱子磁珠差不多也要燒這么多錢。
3、試劑不同。 這個最好理解，流式分選用的是熒光素偶聯的抗體，磁珠分選用的是磁珠結合的抗體。
下面就要說下流式分選的優勢了：
4、分選純度。這個肯定是流式分選的純度高，磁珠分選如果操作好的話也能達到80-90%的純度，但流式分選一般都能達到90％以上（樣本制備和儀器條件正常的條件下）。
5、多參數分選。流式細胞術很大的優勢就是多參數，比如我可以分選CD4+CD25+CD127low的Treg，三色的一次就能分選。磁珠分選就必須先分CD4，再分CD25，更多參數的就沒法進行。
6、低表達群細胞分選。比如有些干細胞它的表達比例只有百分之零點幾，比例太少磁珠分選無法操作，流式就可以把這些細胞富集起來。
7、胞內熒光分選。流式分選在分子生物學中很大一部分應用就是分選GFP、YFP等陽性細胞，還有可以用Hoechst染精子的單倍體進行分選，這些針對胞內成分的分選也是磁珠分選無法實現的。
另外要說明的是，現在都很流行磁珠分選和流式分選相結合的方法，像上面舉的例子分選CD4+CD25+CD127low的Treg，如果僅用流式分選可能時間太長，純度也有影響。那么可以選擇先用磁珠純化出CD4陽性的細胞，再過流式分選CD4+CD25+CD127low的群體，這樣既節省了時間保證了活性，也可以提高分選的純度。