病因不清。認為與感染誘發易感人群產生異常免疫反應有關，現分述如下：
1.感染因素
約35%JRA患者關節液細胞中能分離出風疹病毒，有些全身型JRA患者有柯薩基病毒或腺病毒感染的證據。研究者還發現相當多的JRA病兒有微小病毒B19（HPV-B19）感染的線索。
2.遺傳因素
有很多資料證實主要組織相容性復合基因（MHC）特性決定了個體在一定條件下是否發生異常免疫反應及發生何種類型、何種程度的免疫反應，決定了該個體是否發生免疫損傷。
3.免疫學因素
在JRA病程中不同時期可以測出不同的優勢T細胞克隆，最多見的是CD4陽性T細胞，它們可能受到了不同的抗原刺激。T細胞與巨噬細胞被大量激活將產生過多的細胞因子，如白細胞介素（IL-1，6，8），腫瘤壞死因子（TNF），粒-單細胞集落刺激因子（GM-CSF）等，IL-1可誘導滑膜成纖維細胞及關節軟骨細胞合成前列腺素E2及合成蛋白酶，介導關節組織損傷。