引物設計和探針設計（即熒光探針）有3點不同，相關介紹具體如下：
一、兩者的用途不同：
1、引物設計的用途：用于PCR擴增技術。
2、探針設計的用途：用于標記待定的核苷酸片斷，用與特異性地、定量地檢測核酸的量。
二、兩者的實質不同：
1、引物設計的實質：一小段單鏈DNA或RNA，在核酸合成反應時，作為每個多核苷酸鏈進行延伸的出發點而起作用的多核苷酸鏈。
2、探針設計的實質：在紫外-可見-近紅外區有特征熒光，并且其 熒光性質（激發和發射波長、 強度、壽命、 偏振等）可隨所處環境的性質，如極性、折射率、粘度等改變而靈敏地改變的一類熒光性分子。
三、兩者的原則不同：
1、引物設計的原則：
（1）長度：15—30bp，其有效長度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38，否則PCR的最適延伸溫度會超過Taq酶的最佳作用溫度(74度)，從而降低產物的特異性。
（2）G十C含量：應在40%一60%之間，PCR擴增中的復性溫度一般較Tm值低等于引物的Tm值減去5—10度。引物長度小于20時，其Tm恒等于4×(G十C)十2×(A十T)。
（3）堿基分布的隨機性：應避免連續出現4個以上的單一堿基。尤其是不應在其3’端出現超過3個的連續G或C，否則會使引物在G十C富集序列區錯誤引發。
（4）引物自身：不能含有自身互補序列，否則會形成發夾樣二級結構。
（5）引物之間：兩個引物之間不應有多于4個的互補或同源堿基，不然會形成引物二聚體，尤應避免3’端的互補重疊。
（6）上下游引物的互補性：一個引物的3‘末端序列不允許結合到另一個引物的任何位點上。
（7）3’末端：如果可能的話，每個引物的3‘末端堿基應為G或C。
（8）引物應當超出限制性內切酶識別位點至少3個核苷酸。
2、探針設計原則：
（1）靶基因的確定：選擇檢測組共有的基因以避免檢測的假陰性（漏檢）。
（2）檢測片段的確定：選擇檢測組內的保守（突變少）（避免假陰性）、組間特異的序列（突變多）（避免假陽性）作為引物探針的設計位置。片段長度70-150bp。
（3）引物：長度17-25bp;GC含量30-80%；退火溫度（Tm值）58-60℃；避免穩定的引物二聚體（特別是多聯檢測）及發夾結構（自由能大于-3.5kc/m）；序列不能出現連續的G，3’端避免G或C，最后5個堿基內避免兩個以上的G或C。
（4）探針：長度20-30bp（Taqman）或16-25bp（MGB）；GC含量30-80%；Tm值為68-70℃；避免穩定的二聚體及發夾結構（自由能大于-3.5kc/m）；5’端不能是G；位置盡量靠近上游引物；選擇波長差異較大（多聯檢測）或Fam（單聯檢測）的熒光標記。