1、缺碘 是地方性甲狀腺腫最常見的原因。國內主要見于西南、西北、華北等地區。主要由于土壤、水源、食物中含碘很低，特別在生長發育、妊娠、哺乳時，不能滿足機體對碘的需要，因而影響甲狀腺激素的合成。有些地區由于攝入碘過多，也可引起甲狀腺腫，可能由于碘過多可可抑制甲狀腺有機碘形成，因而甲狀腺激素合成發生障礙。
2、致甲狀腺腫物質 某些物質可阻礙甲狀腺激素合成，從而引起甲狀腺腫，稱為致甲狀腺腫物質。常見者有硫氰酸鹽、保泰松、碳酸鋰等。硫脲類藥物用于治療甲狀腺功能亢進癥，如劑量過大，常可過分抑制甲狀腺激素的合成而引起甲狀腺腫大。長期服用含碘藥物可阻礙甲狀腺內碘的有機化，可引起甲狀腺腫。木薯中含有氰基 ，在腸道內分解形成硫氰酸鹽，抑制甲狀腺攝碘。致甲狀腺腫物質所引起的甲狀腺腫常呈散發性，但也可呈地方性或加重地方性甲狀腺腫。
3、先天性甲狀腺激素合成障礙 由于某些酶的缺陷影響甲狀腺激素合成包括轉運至甲狀腺、甲狀腺內碘的有機化、碘化酪氨酸的偶聯、甲狀腺球電蛋白的水解、碘化酪氨酸的脫碘等，使甲狀腺激素的形成發生障礙，從而引起甲狀腺腫。