（一）細菌性痢疾：典型菌痢有高熱、腹痛、腹瀉、瀉膿、血便、腹痛，在下腹或左下腹明顯壓痛，且有腸索伴明顯里急，后重糞檢有較多膿細胞吞噬細胞。重者常脫水這都有利于和本病區別。
（二）其它細菌所致腹瀉如鼠傷寒致病性大腸桿菌、耶氏菌親水氣單胞菌、其他厭氧菌等。單從臨床有時很難鑒別，懷疑時應依靠病原學和血清學來確診。
（三）腸道外感染者須與沙門菌病及布氏菌病鑒別。
