影響柱效的因素如下：
1、凝膠本身性質：
每一種凝膠均有其合適的分離范圍，應選擇合適的凝膠進行分離。同樣分離范圍的凝膠顆粒越細的，柱效越高。
2、色譜柱裝填的好壞：
凝膠過濾色譜柱裝填完后，一般可以用丙酮（或NaCl）測定柱效和峰對稱性，一般對于平均顆粒直徑在30~34微米的Superose PG、Superdex PG系列凝膠，柱效應在9000以上，而顆粒平均直徑在90微米的Sepharose FF凝膠柱效應在3000以上。通常，越是分辨率高的細顆粒凝膠對于裝柱的技術要求越高。
柱效：
柱效簡而言之就是色譜柱對色譜中兩種物質分離能力的大小。柱效越高，分離效果越好，峰形越好，反之則分離效果差，峰形差，甚至不能完全分開兩個物質。色譜柱的柱效和填料、柱長、柱內徑均有關系，一般來說，填料越細密、柱長徑比越大，柱效越高。
在HPLC中，柱效一般出廠后就基本固定，隨著使用過程的損耗而柱效降低。人工填柱的色譜柱，因為每次裝柱時所用的溶液、填料量都不盡相同，因此柱效也會有變化。測柱效主要是看柱是否具有良好的分離效果。柱效的衡量用塔板數表示。