（1）離子對試劑濃度的影響
a.離子對試劑濃度對于化合物的保留的影響
假設被分析的化合物的濃度一定，當逐步提高流動相中離子對試劑的濃度時化合物的保留會逐漸增大；當離子對試劑濃度繼續增加到色譜柱的固定相被飽和時，化合物的保留達到最大值；繼續增加離子對試劑濃度，流動相中會伴隨離子對試劑的反離子濃度的增加，反離子會與化合物進行競爭離子的交換保留，導致化合物的保留呈逐漸下降的趨勢。
b.離子對試劑濃度的選擇
（2）離子對試劑的類型的影響
一般離子對試劑疏水性越強，化合物與之結合后在色譜柱的保留越強。如對于酸性化合物，要達到同一保留時間，選用TBA+（含16個碳原子）時濃度比TEA+（含8個碳原子）濃度低。
（3）流動相pH的影響
當在流動相中添加離子對試劑后，如酸性化合物提高pH值會使得酸性化合物的離子狀態增加，此時會增加其與離子對試劑的接觸，增加其保留，故提高pH值使得酸性化合物的保留增強，這個與其在不加離子對試劑時調高pH值降低酸性化合物的保留相反。同時對于堿性化合物提高pH值使得分子狀態增加，會降低其與離子對試劑的結合，導致化合物的保留減弱。
（4）溫度的影響
相對于RPC，離子對色譜法對于溫度控制的要求更高，溫度的重現性必須較高。否則溫度的改變容易引起化合物相對保留比較明顯的變化，進而影響化合物的分離。
（5）有機溶劑（B%）強度的影響
改變B%的比例對化合物保留的影響同RPC分離樣品時差不多，但IPC還有自己的特點，如增加B%的比例（對于添加磺酸鹽作為離子對試劑的流動相），所有的化合物的保留時間會減少，但是對于堿性化合物的保留減少更多。
（6）色譜柱的影響
色譜柱因為被離子對試劑部分覆蓋，因此色譜柱對化合物保留的實際作用往往被覆蓋。通過改變色譜柱控制分離目的不是首選，也不會特別有效。